嵩祝寺建于清雍正十一年（1733年），为第二世章嘉胡图克图在京的驻地。康熙三十六年（1697年）命第一代章嘉居多伦汇宗寺,四十五年封灌顶法师，掌管漠南黄教（即藏传佛教格鲁派），雍正时又令他掌管内蒙、京师、盛京、五台山、甘肃等地黄教寺院。从第二世章嘉开始，历代呼图克图（活佛）均以嵩祝寺为主要驻地。
据《日下旧闻考》卷二十九载：“法渊寺在嵩祝寺东，智珠寺在嵩祝寺西”，“明番经厂、汉经厂今为嵩祝、法渊三寺”；《京师坊巷志稿》卷三载：嵩祝寺东有法渊寺，西有智珠寺。又东为三厂遗址；明置番、汉经厂，道经厂于此”。但据乾隆十五年《京城全图》所绘，嵩祝寺之东为番经厂、汉经厂两组大型建筑，而嵩祝寺与两经厂之间并无可容法渊寺之地，应是将两经厂改建为法渊寺，《京师坊巷志稿》的记载不够精确。
嵩祝寺坐北朝南，建筑规模较大，分三路。主要殿宇集中在中路，东路为寮房、配房、佛堂、经堂等，西路主要为喇嘛住宅。中路从山门到后楼共五层殿宇。山门三间，进深五檩，为大式硬山筒瓦大脊，顶上带吻兽、垂兽，一斗二升斗栱，内为彻上明造。钟鼓楼上檐为歇山筒瓦调大脊，带吻兽、垂兽，一斗三升斗栱，四周有带廊栏杆，下檐为筒瓦箍头脊，上下层角梁悬铃，绘旋子彩画。天王殿三间，进深五檩，为大式硬山筒瓦大脊，内为彻上明造；殿两侧有红墙，墙顶为筒瓦大脊，上有吻兽，两边各开一门通里院。里院正殿五间，带廊，大式硬山筒瓦大脊，檐下一斗二升斗栱，带云头雀替，明间有匾为“妙明宗镜”。对面有一木结构砖制悬山筒瓦箍头脊建筑,上带吻兽垂兽,据说是明灯的地方。宝座殿五间，大式硬山筒瓦大脊，有吻兽、垂兽及旋子彩画，左右各有三间耳房；殿前有出厦三间，厦为大式悬山筒瓦箍头脊，带吻兽及垂兽。殿后有藏经楼七间，二层，硬山筒瓦大脊，上带垂、吻兽，上层为格扇门窗，有坐凳栏杆，内为井口天花。从该寺往东可通法渊寺。
今嵩祝寺山门、钟鼓楼及前殿已拆，其他主要殿宇尚存，寺原址拆除部分已建成楼房。法渊寺只存北部少量房屋，主体已全部拆除，建造了楼房。
