十三经碑林珍藏有十三经刻石孔庙的十三经刻石共有189座，原存放于国子监东西六堂，1956年修缮国子监时移至孔庙与国子监之间的夹道内。十三经是研究儒学的珍贵史料。我国虽有“熹平石经”、“开成石经”，但都有不同缺陷，唯乾隆石经有独特之处，所以“十三经刻石”又叫“乾隆石经”。
十三经碑林里的十三经刻石是儒家的13部经典著作。即《周易》、《尚书》、《诗经》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》、《左传》、《公羊传》、《谷梁传》、《论语》、《尔雅》、《孝经》、《孟子》。
十三经刻石是蒋衡篆刻的。他是清雍正年间江苏金坛恩贡生，游历长安时，见“开成石经”众手杂书，紊乱不堪，深以为憾，决心自书一部十三经。于是，从雍正四年（1726年）至乾隆二年（1737年），历时12年，完成了这部63万字的经文手书，字体工整，一丝不苟。乾隆五年（1740年）江南河道总督高斌将蒋衡手稿转献朝廷，收藏于大成懋勤殿。乾隆五十六年（1791年）钦命和珅、王杰为总裁，彭元瑞、刘墉为副裁，负责考订蒋书经文，并动工刻石。彭、刘以宋、元善本十三经校订蒋衡手稿，并把俗题字改为古体字，同时考证经文异同。
乾隆五十九年（1794年）,碑刻成，立于太学。同时以墨拓本颁行各省。彭因功受赏太子太保衔。和珅为此嫉恨，命人一夜挖去碑上经彭改过的古体字。嘉庆八年（1803年）和珅被贬，嘉庆帝又命学者纪晓岚、董诰等人重新校订并补齐被和珅挖去的字，至此“乾隆石经”得以还本来面目。
与“十三经刻石”同处在一起的还有从国子监彝伦堂移来的清康熙帝御笔《大学碑》。《大学》选自《礼记》一书，内容讲修身、齐家、治国平天下之道理。康熙书法功底深厚，气势磅礴。除此之外，北京孔庙尚有清乾隆登基60年（1795年）时镌刻的《御制说经文》碑13座，《御制石刻蒋衡书十三经于辟雍序》满、汉文碑各1座。
