清代历经九朝帝王，故宫里紫禁城中书房的数量、分布、设置和使用都不尽相同，反映出王朝的盛衰和宫廷文翰活动的发展演变。紫禁之内，殿堂之中，凡设宝座处，左右必陈典籍和古玩，反映出清代帝王对文治的重视与夸耀。但总体来看，道光朝之后，宫内大量书房开始闲置或变为仓库，文事活动萧条，往日的宸翰光辉渐趋黯淡了。
清宫早期的书房除举经筵的文华殿外，全部分布于保和殿、乾清宫、养心殿三区，且皆为政寝合一的建筑，即皇帝的寝室、起居室、书房与召见大臣商议军国大计之处都集中于一个建筑区域。保和殿主要为顺治朝使用，乾清宫区在康熙朝发挥功能最大，养心殿区则自雍正朝起始渐成为勤政的皇帝们最主要的活动区域。
四类御书房
一是教育类。清代制度对皇帝自身素质要求很高，读史论经是帝王最重要的必修课。皇子就读之处有上书房和毓庆宫。皇帝受教育之所有顺治朝的保和殿、康熙等朝的弘德殿。每年春秋两次经筵一般在文华殿举行。
文华殿印钤本
二是顾问类。清代帝王深知文教对于巩固统治的重要意义，在处理繁重政务的空暇时间，备有儒臣随侍，以应帝王召对。康熙时，曾先后设懋勤殿、南书房为词臣入值的书房。南书房的这一功能一直延续至清末。
懋勤殿印钤本
三是阅览类。清宫廷藏书宏富，紫禁城中设置了一些图书集中的具有相当收藏规模的书房，最早以藏书为主的书房是昭仁殿的“天禄琳琅”，后有景阳宫后殿的“学诗堂”，乾隆三十九年（1774年），为修《四库全书》，特在文华殿后建文渊阁，再后还有御花园中的摛藻堂和养性斋，嘉庆朝又有毓庆宫的“宛委别藏”。
四是修养类。清代文治汉化极深，从入关后第一代皇帝福临始即崇奉儒学，重视文教，帝王用来修身养性的书房亦随着御苑的兴建大量添设，如紫禁城西部建福宫花园与东部宁寿宫花园中都设置了大大小小许多书房。至乾隆、嘉庆朝，皇帝的私人书房数量大增，如紫禁城中题为“长春书屋”、“抑斋”、“随安室”、“明窗”的书房皆分布于多处，俱为乾隆皇帝的私人书房。这些书房在宫廷文事活动中起了重要的作用，如乾隆朝每年正月在重华宫集王公大臣举行茶宴联句。
紫禁城中书房大量增设的时期是在乾隆朝，乾隆皇帝外收天下图书，内建楼阁苑囿，并时常举行大型的文事活动，甚至可以说弘历所到之处必设书房。至乾隆朝，紫禁城的书房规模大备。弘历少时居住的乾西二所因是“潜龙邸”，升为重华宫，其中有“乐善堂”、“长春书屋”、“抑斋”、“古香斋”等精美豪华的书房。乾隆帝即位后兴起了空前的图籍收集和编纂事业，紫禁城中的图书更是汗牛充栋。其中最大的藏书处当然是文华殿后那座瓦顶墨黑的文渊阁，此外弘历又命撷《四库全书》之精华，编成“荟要”，陈于御花园的摛藻堂内，以便取携观览。乾隆皇帝还为他极珍视的书籍碑帖单独辟出书房，例如：昭仁殿中有陈列宋、金、元、明刊版图书的“天禄琳琅”，宋代岳珂刊刻的“五经”集全后又专贮于昭仁殿之“五经萃室”；宋徽宗赵佶所书《毛诗》和马和之奉命绘制的《毛诗全图》藏于景阳宫后御书房，乾隆皇帝为书房题匾：“学诗堂”；丙申年（乾隆四十一年，1776年）后集获之书藏于御花园的养性斋；《钦定古今图书集成》曾经收贮于重华宫区内的“古香斋”。还有收藏法帖的“三希堂”、收藏《石渠宝笈》所著录之书画的“画禅室”等等。弘历年入耆龄之后，开始大兴土木，在宫内兴修园林，西造建福宫花园，东建宁寿宫花园，东西两大花园形成对称局面。这些花园内配合置景又添设了许多休闲性质的书房。而宁寿宫区的养性殿又是对应内廷的养心殿仿建的，甚至其中的书房也作对应设置，如以“墨云室”的“含英咀华”之意对应“三希堂”之“内圣外王”之内涵。自命风雅的乾隆皇帝主宰紫禁城六十余年，所以紫禁城中大多数书房都留有他的遗韵。